DNA SEQUENCER ANALİZ CİHAZI

Marka / Model: Li-cor / 4300L

Li-cor/4300L kızılötesi avantajı, yüksek hassaslık ve geniş dinamik aralığı sayesinde DNA Dizi Analizinde doğru ve kesin sonuçlar elde eder. Genomik araştırma çalışmalarında kullanılır. Biyolojik moleküller, jeller ve cam plakalar kızılötesi floresana sahip olduğu için kızılötesi algılama sistemi sayesinde yüksek hassasiyette sonuçlar alınmaktadır.

 Teknik Özellikler:

• Lazer Ömrü                            : 40.000 – 60.000 saat

• 700 Kanal için Lazer Kaynağı    : Katı-Hal diyod lazer 685 nm

• 800 Kanal için Lazer Kaynağı    : Katı-Hal diyod lazer 785 nm

• Detektörler                            : İki adet silikon avalanche fotodiyod

• Tarama Hızı                           : Görüntü kalitesini optimize etmek için kullanıcı tarafından

                                                  seçilebilir 5 adet tarama hızı

• Çalışma Koşulları                    : 15 -35 oC, çiğ nokta en fazla 19 oC

Numune Özellikleri:

1. Numunenin taşınma ve muhafaza koşulları: Soğuk zincir gerektiren numuneler, soğuk zincir bozulmadan laboratuvara getirilmelidir. Numuneler mutlaka RNase/DNase free 0,5-2 mL’lik eppendorf tüplerde teslim edilmelidir. Çatlak, kırık ya da temiz bir görünüme sahip olmayan tüpler numunenin özelliklerini bozmuş olabileceğinden kabul edilmeyecektir. Numune tüpleri numuneyi açıklayacak bilgileri içeren etikete sahip olmalıdır.

2. Numune tanımına uygun olarak deneyin gerçekleşmesi için teslim edilmesi gereken konsantrasyon, miktar ve dokümanlar aşağıda belirtilmiştir.

DNA örnekleri;

A. Sekanslanacak DNA örneğini teslim edilmeden önce PCR yöntemi ile çoğaltılmalı ve saflaştırılmalıdır.

B. Sekanslanacak DNA örneği PCR ürünü değil ise; 50-100 ng/µl konsantrasyonunda ve en az 25 µl hacminde olmalıdır.

C. Dizi analizi yapılacak DNA bölgesine özel ileri ya da geri primerler 10 pmol konsantrasyonda ve en az 10 µl hacimde teslim edilmelidir. Dizi analizi çift yönlü yapılması isteniyorsa (hem ileri hem geri primer ile), her iki primerinde yukarıda belirtilen koşullarda teslim edilmesi gerekmektedir.

PCR ürünleri;

A. Sekanslanacak PCR ürünü teslim edilmeden önce saflaştırılmalıdır.

B. Saflaştırılmamış örnekten 50 µl, saflaştırılmış örnekten 25 µl olmalıdır.

C. Dizi analizi yapılacak DNA bölgesine özel ileri ya da geri primerler 10 pmol konsantrasyonda ve en az 10 µl hacimde teslim edilmelidir. Dizi analizi çift yönlü yapılması isteniyorsa (hem ileri hem geri primer ile), her iki primerinde yukarıda belirtilen koşullarda teslim edilmesi gerekmektedir.

Uygulama : Mikrosatallite, AFLP analizi, Tilling, Ecotilling, DNA sekansı